На одной из примитивных планет местные жители увидели яркую вспышку света - на земле очутился обнажённый мужчина, который не помнил, кто он, и как сюда попал. Это был некто иной, как доктор Дэниел Джексон! Спустя некоторое время за ним явились его друзья: Джонас Квинн, изучая каменную табличку с Абидоса, по странному стечению обстоятельств посчитал, что следы потерянного города можно найти на этой планете. Друзья были очень поражены, когда нашли там вместо города своего друга. Дэниел согласился вернуться домой, где и начал всё вспоминать. Но отмечать возвращение друзья не торопились и приступили к реализации плана по заманиванию Анубиса в западню.

Супероружие флагмана Анубиса было уничтожено, но массированная атака была сорвана недееспособностью Ю и пленением Джонаса Квинна, который вместе с Дэниелом пробрался на корабль для диверсии. Анубис, используя своё устройство зондирования мозга, прочитал информацию о наквадрии и устремился в родной мир Джонаса, чтобы завладеть изотопом и восстановить энергосистемы корабля. А Тилк и первый воин Ю сумели уговорить Баала возглавить объединённый флот лордов Системы вместо Ю и отправиться на Келоуну.

На базе Звёздных врат появился незнакомый подросток в одежде Джека и с его личной карточкой, который уверял, что он и есть полковник О'Нилл. Он помнил всё, что знал Джек, и всё говорило о том, что это он, кроме его вида. И у него в памяти осталось что-то похожее на сон, в котором его навестил какой-то асгард. Друзья обратились к историям о похищениях людей инопланетянами, и оказалось, что так оно и есть на самом деле, когда на базу явился Джейкоб и установил, что подросток - клон Джека! И, судя по всему, его клонировали асгарды.

В очередной экспедиции Тилк был серьёзно ранен, когда заряд плазмы поразил уже пустую сумку симбионта, и Тилк едва не погиб. После этого у него начались душевные расстройства, так как он считал, что слабеет и становится ни на что не годным. Пока Дэниел поддерживал его, у самого доктора Джексона начались странные видения, в которых он видел Братака и Раека. В ходе келнорима с Тилком он понял, что это воспоминание о том, как Братак и Раек попали в плен. Дэниел видел это, когда ещё был вознесён. Пленники на каторжных работах, и у них должны были заканчиваться запасы третонина, поэтому друзья обратились за помощью к Ракнору.

Чудаковатому учёному Фелджеру, когда-то спасавшему ЗВ-1, пришла в голову идея: мешать гоаулдам использовать Звёздные врата посредством загрузки в наборное устройство вируса, который будет подменять правильные координаты ложными. В компании с майором Картер Фелджер написал вирус и загрузил его в наборное устройство одной из планет Баала. Но неожиданно вредоносная программа, к отчаянию горе-изобретателя, начала выводить из строя одни Звездные Врата за другими, и 12 ЗВ-отрядов, включая доктора Джексона, а также полковника О'Нилла и Тилка застряли на других планетах.

Группу ЗВ-1 пригласили к себе женщины-джаффа, бежавшие от гоаулда Молоха. Чтобы выжить, им нужны симбионты, которых приходится добывать, нападая на отряды Джаффа, служащих другим гоаулдам. Девушки предложили союз, но Тилку не нравились их методы выживания, и друзья предложили им покончить с нападениями и использовать вместо симбионтов третонин. Вождь девушек - Ишта - не была против этого, но не все её подопечные верили в то, о чём рассказывали гости.

Тилк и Братак явились на место встречи двух гоаулдов - Рамиуса и Тилгаcа - и столкнулись с неизвестным воином, закованным в чёрные латы, на которого не действовало энергетическое оружие. Если бы у него не остановилось сердце, он бы убил друзей. Воин был создан искусственным путём, и расследование этого случая заставило доктора Джексона отправиться в Гондурас на поиски устройства Древних, которое майя называли "фонтаном жизни" - именно на его основе гоаулд Телчак когда-то создал саркофаг, и предполагалось, что таким устройством воспользовался Анубис, чтобы создавать суперсолдатов. Остальные члены ЗВ-1 вместе с Джейкобом решили попытаться взять живого суперсолдата Анубиса.

Доктор Джексон и доктор Ли сумели найти "фонтан молодости", однако, попали в плен к террористам, потребовавшим выкуп. Найденное устройство тоже их интересовало, и его даже удалось запустить, и оно стало действовать подобно саркофагу. Вытаскивать пленников отправился полковник О'Нилл, а остальные, узнав от пленного суперсолдата, где находится база Анубиса, сумели туда проникнуть, с помощью Джейкоба в костюме суперсолдата.

Пока майор Картер, встретив своего старого друга - молодого полицейского Пита Шенахана - впервые начала с кем-то строить серьёзные отношения, доктор Джексон начал видеть странные сны. В этих снах он видел свою первую подругу Сару, вспоминал отношения с ней. Всё было прекрасно, кроме одного: Сара почему-то проявляла огромный интерес к работе доктора Джексона и даже предложила табличку, очень похожую на ту, что нашли на Абидосе. Друзья угадали, что это Осирис пытался таким необычным способом получить то, что нужно Анубису - местонахождение затерянного города Древних.

Новая база Альфа, куда были вынуждены перебазироваться после зондирования мозга Джонаса Квинна, вновь подверглась нападению Анубиса, теперь уже с применением новых суперсолдатов. Причиной стала полученная Анубисом информация, что там завершается разработка оружия против его воинов. Пока один из кулл-воинов преследовал майора Картер, база Звёздных врат провела спасательную операцию, Джек и Тилк с прототипом оружия отправились на поиски Сэм, а генерал Хаммонд по поручению Пентагона начал расследование утечки информации об Альфе.

На базу явилась съёмочная группа, дабы снять документальный фильм о Звёздных вратах и тех, кто работает в программе. Далеко не все охотно согласились принять участие: желания превращаться в звёзд почти никто не имел, к тому же съёмочная группа мешала всем работать. В это время группа ЗВ-13 отправилась в экспедицию на планету P3X-666, на которой обнаружила развалины, которые предположительно принадлежали городу Древних. Пока они осматривали место, они наткнулись на беспилотный летательный аппарат, который оказался зондом гоаулдов и обстрелял их. Им удалось сбить его и передать обломки на базу. Генерал Хаммонд разрешил продолжить миссию, не подозревая, что группа в опасности.

Атаковавших планету, где попала в беду группа ЗВ-13, оказалось куда больше, чем думали. Прибывшие на помощь начали отчаянную битву с отрядами Джаффа, глайдерами и бомбардировщиками гоаулдов за спасение своих людей. В страшной битве с гоаулдами Джек стал первым, кто испытал на себе новый бронежилет: энергетический заряд опрокинул его под отчаянный вопль майора Картер. Бойцы всё-таки сумели вернуться на Землю в тот момент, когда съёмочная группа работала в ангаре. Снимать происходящее им вновь категорически запретили, но удалось узнать, что во время спасательной операции потеряли одного очень важного человека, а доктор Джексон что-то снял на любительскую камеру. А пока Брегман пытался выяснить, что произошло, на базу из агентства информации явился расследовать инцидент не кто иной как Ричард Вулси.

Прошло семь лет с тех пор, как начала работать программа Звёздных врат. И вот, наконец, наступила пора, когда у руля Соединённых Штатов встал новый президент. Его предвыборный штаб возглавлял сенатор Кинси, ставший вице-президентом. Новый президент, конечно, не знал ничего о Звёздных вратах, и председателю комитета начальников штабов пришлось заново вводить его в курс дела сразу же после инаугурации. Кинси, на которого работал уже знакомый нам следователь Ричард Вулси из агенства информации, решил вновь попытаться завладеть Звёздными вратами, то есть сместить прежнее командование базы, включая, конечно, генерала Хэммонда и ЗВ-1.

Сенатор Кинси всё-таки добился смещения генерала Хаммонда. Они с президентом заставили дипломата - доктора Элизабет Вейр - возглавить проект "Звёздные врата". А пока они замышляли всё это и давили на доктора Вейр, Дэниел сообщил друзьям о находке ЗВ-2 на одной из планет. Там было ещё одно хранилище знаний Древних, и друзья вместе с ЗВ-3 и ЗВ-5 отправились туда за ним, но попали в ловушку, когда планету атаковал Анубис, и времени на то, чтобы попытаться снять устройство и отправить его на Землю, не осталось. Джек, чей мозг представлял наименьшую ценность, посчитал, что и на этот раз в архив должен заглянуть именно он.

Джек, используя знания Древних, сумел назвать планету, на которой, предположительно, находится Потерянный город - она называется Прокларуш Таонас, и это название одновременно её координаты. Но врата там уже не работали, и пришлось лететь на корабле. Элизабет Вейр не могла дать Прометей, так как явившийся в конце предыдущей серии Братак сообщил, что Анубис устремился к Земле и будет здесь через 3 дня. Тем не менее, удалось раздобыть на Чулаке Тел'так и отправиться на Таонас. А пока друзья искали город, Анубис приблизился к Земле и начал разведку боем.