После того, как вторые Звёздные врата начали работу, и Первый отряд вернулся домой, майор Девис снова приехал на базу с плохой новостью: похоже, один из репликаторов уцелел и захватил русскую подводную лодку. Пока на базе раздумывали, что делать с отбуксированной в американскую гавань лодкой, экипаж которой погиб, на базу через Звёздные врата прибыл Тор. Главком попросил помощи друзей в мире асгардов, которому угрожают репликаторы. Майор Картер отправилась с Тором через Звёздные врата, а остальные отправились добивать репликаторов на Земле.

Очередной отпуск ЗВ-1 был прерван начавшимися попытками неизвестных гостей связаться с базой через Звёздные врата. Оказалось, что это человеческая цивилизация, обнаружившая Звёздные врата и считающая их порталом в мир предков. Их лидер Алар сообщал, что их атакует опасный враг, который не желает ничего слушать, их запасы истощены, защита вот-вот рухнет. Но когда ЗВ-1 прибыли в убежище осаждённых, у Дениела стали появляться сомнения, что эти люди являются жертвами войны, а не агрессорами...

На базу Звёздных врат прибыла археолог Ток'Ра Энис со своим новым открытием: рукавами древней вымершей расы Атаниксов. Эти рукава во много раз увеличивали природные возможности человека. Так как на тех, кто носит симбионтов, рукава не работали, Энис обратилась с пhtдложением испытаний к ЗВ-1. Джек, Дэниел и Сэм достаточно быстро овладели новыми возможностями и силой, но далеко не сразу научились контролировать их. А вскоре и выяснилось, какова цель испытаний: провести диверсию на новом корабле, который строил Апофис. И сделать это было реально только с помощью этих рукавов.

На базу Звёздных врат была прислана Братаком жрица из храма Апофиса Шенок, возлюбленная Тилка. И заявила, что у неё сведения, которые могут помочь победить гоаулдов, поэтому её немедленно надо доставить к Ток'Ра. Она уверяла всех, что убедила своего созревшего симбионта Танита, что гоаулды творят зло, и он готов служить делу Токра. Однако когда Тилк поверил ей, и Токра приняли её предложение, оказалось, что всё совсем не так, как наивно думала Шенок.

Во время встречи с главой Верховного совета Ток'Ра Персусом, произошёл неприятный инцидент: командир ЗВ-14 майор Грэм надел на пальцы какое-то маленькое оружие и начал стрелять им по присутствующим, после чего покончил с собой с помощью этого оружия. Это была новая технология - "зетерк", что-то вроде "троянской" программы в мозге, цель которой, обычно, убийство вражеских лидеров. Причём жертва после этого получает ложную память и понятия не имеет об этой программе. Энис предложила свой продвинутый детектор лжи, дабы найти других зетерков среди тех, кто будет присутствовать на предстоящей встрече с президентом США.

Удобный момент

Группа ЗВ-1 работала на аэродроме зоны 51, испытывая плод 2-летней работы учёных и инженеров - летательный аппарат Х-301, сочетающий в себе технологии глайдеров гоаулдов и технологию "Стэллз" американских самолётов. Когда настало время испытания боевых качеств аппарата, оказалось, что в нём противоугонное устройство Апофиса, отчего Джек и Тилк потеряли управление, и Х-301 устремился в родной мир Апофиса...

Бывшйи наставник доктора Джексона доктор Джордан погиб при взрыве лаборатории после исследований урны Осириса, найденной в Египте в 1931 году. Сама же урна пропала. Когда Дэниел, расследуя обстоятельства гибели доктора Джордана, привёз на базу урну Исиды, найденную вместе с урной Осириса, оказалось, что в ней - симбионт гоаулда, а сама урна - что-то вроде камеры для стазиса. Этот симбионт был мёртв из-за того, что урна была повреждена. Поэтому друзья бросили все силы на поиски урны Осириса.

После того, как Первый отряд в очередной раз еле унёс ноги от гоаулдов, генерал Хэммонд неожиданно заявил, что не желает больше посылать людей неизвестно куда, не зная, вернутся ли они назад. Это означало, что он намерен покинуть пост командующего базой. Однако Джек не поверил, что причиной отставки стало последнее происшествие и заподозрил в этом грязную политическую игру. А для решения проблемы обратился за помощью к заключённому Мейборну.

Двойная опасность

Завладев в предыдущей серии Хатаком Кроноса, ЗВ-1 и Джейкоб приступили к выполнению плана по переселению Токра на другую планету, где нет Звёздных врат. От дезинформатора Танита, конечно, настала пора избавиться, но тому удалось сбежать из-под стражи и сообщить обо всём Апофису, который устремил свой флот к Ворашу. Тогда Джейкоб и Сэм решили взорвать звезду Вораша, набрав на Звёздных вратах адрес чёрной дыры и бросив врата на солнце, чтобы одним ударом покончить с флотом Апофиса.